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反渗透杀菌剂有氧化性和非氧化性两大类
控制反渗透系统微生物污染的有效和常用的方法之一就是投加反渗透杀菌剂，利用杀菌剂的投加来控制水中微生物的生长，从而控制反渗透系统中的微生物污染趋势。
常见反渗透杀菌剂有氧化性杀菌剂和非氧化性杀菌剂两大类。
一、氧化性杀菌剂
目前氧化性杀菌剂采用次氯酸钠较多，但是反渗透膜聚酰胺分离层不具有抗氧化性，因此反渗透进水需要脱氯处理，且不能防止保安过滤器、反渗透膜内的微生物再繁殖。
因此氧化性杀菌剂一般在预处理的应用较多，某些使用方由于害怕反渗透膜的氧化，要么加入量不足，要么过量投加还原剂，导致微生物在反渗透膜内的二次滋生，建议投加还原剂前有0.3-0.5ppm的余氯量，透过还原剂进行还原，保证反渗透前置处理的灭菌效果。同时，降低二次污染发生的风险。
二、非氧化性杀菌剂
非氧化性杀菌剂主要有异噻唑啉酮、DBNPA以及铵盐类等，在应用上以异噻唑啉酮和DBNPA比较广泛。由于非氧化性杀菌剂没有氧化作用，对反渗透膜没有影响，使用安全性高。
因此，在反渗透阶段使用非氧化性杀菌剂在目前的工艺上成为常态，且使用方式多种多样，有连续投加和有冲击投加以及清洗投加等。
由于反渗透杀菌剂多为含碳化合物，其在反渗透系统中使用后，有可能导致反渗透产水的TOC含量增加。因此在一些特殊的行业（对TOC要求较高，如一些超超临界机组、电子行业等），建议采用冲击投加，一般是在冲洗时投加，或者投加时产水排放。
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